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全基因组重测序

全基因组重测序 (Whole-genome sequencing,WGS)是分析基因组最全面的方法。新一代测序高通量和低成本的特点,为研究人个体或群体全基因组提供了平台。基于WGS技术的疾病研究显示,非编码区的DNA变异与复杂疾病起因有很大关联。

      基因组重测序是对已知基因组序列物种的个体进行基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行比较基因组学分析。通过全基因组重测序可以找到大量的单核苷酸多 态性位点(SNPs)、插入缺失(InDel)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异信息,广泛应用于群体遗传学、临床医药、动植物分子育种等众多领域。

 

应用领域

 

样品要求

 

1、 DNA样品:Miseq DNA PE文库浓度≥20 ng/μl,总量≥6 μg(荧光定量);Miseq DNA MP文库浓度≥40 ng/μl ,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/μl,总量≥3 μg(荧光定量),电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留,对打断DNA样品带来非常大的困难,且很难去除,因此特别要求所提供的样品不要有多糖或糖蛋白污染。


2、动物样品:对于一般物种应挑选肝脏、肾脏、血液等组织取样,对于珍贵物种请提供耳样、毛发(带毛根)等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异 对后续拼接产生的影响,尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小,从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需,在保证量的前提下,应尽量减少采样个 体的数量。提供组织样品应>500 mg,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。


3、植物样品:植物材料应尽量选取植物组织幼嫩部位。提供组织样品应>500 mg,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。