动植物基因组从头测序
概述: 基因组从头测序也叫de novo测序,主要针对基因组序列未知的物种,构建不同类型的基因组DNA文库,并进行序列测定。然后使用生物信息学方法对测序得到的序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列信息。
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      基因组从头测序也叫de novo测序,主要针对基因组序列未知的物种,构建不同类型的基因组DNA文库,并进行序列测定。然后使用生物信息学方法对测序得到的序列进行拼接、组装和注释,从而获得该物种完整的基因组序列信息

 

样品要求

 

1、 DNA样品:Miseq DNA PE文库浓度≥20ng/µl,总量≥6µg(荧光定量);Miseq DNA MP文库浓度≥40 ng/μl,总量≥12 μg(荧光定量);454 DNA库浓度≥20 ng/μl,总量≥3 μg(荧光定量),电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整,主带应在100 kb以上。若样品中有多糖、糖蛋白的残留,对打断DNA样品带来非常大的困难,且很难去除,因此特别要求所提供的样品不要有多糖或糖蛋白污染。

 

2、 动物样品:对于一般物种应挑选******、******、血液等组织取样,对于珍贵物种请提供耳样、毛发(带毛根)等脂肪含量较少的组织进行取样。为了减少个体差异对后 续拼接产生的影响,尽量从同一个个体中取样。若物种体积较小,从一个个体中提取的DNA量不能满足测序实验所需,在保证量的前提下,应尽量减少采样个体的 数量。提供组织样品应>500 mg,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

 

3、植物样品:植物材料应尽量选取植物组织幼嫩部位。提供组织样品应>500 mg,尽量提供较多量,不同的物种DNA提取产量有差异。

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